郭汝瑰对中共在内战中的胜利有功，但郭当时的唯一中共地下党联系人仍需赴香港继续潜伏而不能暴露身份为郭作证明，郭为中共所做出的贡献不为人知，中国人民解放军在1955年实行军衔制时未授予其军衔，郭恢复中共党籍的要求也不能实现。[15]
1950年6月，第二十二兵团被整编，郭汝瑰调任川南行署委员兼交通厅厅长[1]:550。1951年1月，调解放军南京军事学院（院长刘伯承），任合同战术教员[1]:550-551。并任军事史料研究处副处长、研究员。1957年，南京军事学院一位投降留用军官“坦白”自己是“国民党特务”，郭汝瑰则是国民党潜伏特务组长；郭汝瑰随即被逮捕，后因董必武等人出面而被“平反”[16]。郭汝瑰在反右斗争中由南京军事学院定为右派，但随即被中央军委以“情节轻微，不作右派处理”[15]。文革时也被批斗[17]。1970年南京军事学院撤销编制，郭汝瑰回到重庆巴县及重庆北碚定居[18]。
1979年4月中共中央组织部让他“重新入党”[1]:551。郭汝瑰在1988年中国人民解放军重新实行军衔制时已退役，未获授予军衔，担任过黄埔军校同学会副会长，是中国人民政治协商会议第四，五，六，七届委员，1985年得“副兵团级待遇”。二十世纪九十年代末车祸后健康状况恶化。郭汝瑰1997年10月23日于重庆去世[1]:551。
